微生物肥料是一种微生物活体制品。肥料中含有微生物活体。肥料施入土壤后通过微生物的生命活动增加植物养分的供应和促进植物生长。微生物肥料分为三种：微生物菌剂、生物有机肥和复合微生物肥料。
微生物菌剂是指微生物经过工业化生产和增殖后直接使用，或通过浓缩或经载体吸附的活菌产品。微生物菌剂分为单一菌剂和复合菌剂。单一菌剂由一种微生物菌种制成。根据产品中特定微生物种类或特定微生物种类的作用机理，可分为几大类，如根瘤菌菌剂。固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂等。复合菌剂是由两种或两种以上不拮抗的微生物菌种组成。菌剂从外形上分为固体和液体。固体菌剂是粉末。为了保存和运输的方便，生产主要是固体菌剂为主。微生物菌剂主要依靠微生物的生命活动为植物增加营养和改良土壤。用量少，使用范围广，使用方法灵活多样。
生物有机肥是由特定功能微生物和腐熟有机肥复合而成的一种微生物肥料和有机肥效应的肥料。生物有机肥外观呈颗粒状。生物有机肥具有一定的肥效，能有效提高农作物的品质，用量大，适用于有机农业生产。
复合微生物肥料 是指由特定的微生物和营养物质以及有机质复合而成的肥料。它们既有微生物的作用，又有化肥的作用。复合微生物肥力高、肥效快、用量大，能促进作物增产。使用方法简单
